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根據國際內部審計師協會的定義，內部審計是一種獨立、客觀的保證和咨詢活動，其目的在于為組織增加價值和提高組織的運作效率，它通過系統化和規范化的方法，評價和改進風險管理、控制和治理過程的效果，幫助組織實現其目標。內部審計是審計監督體系中一個重要的組成部分，其作用絲毫不遜于外部審計，發現震驚世界的“世通”丑聞的首要功臣就是平時不為人矚目的單位內部審計人員，它也進一步引起了人們對于內部審計的關注，如何強化內部審計的職能作用，加強單位內部控制和風險防范成為當前討論的熱點問題。
內部審計作為醫院內部自我約束機制的重要組成部分,已越來越引起醫院管理者的重視。醫院內部審計具有監督、評價、控制和服務四種主要職能。
一、監督職能。醫院內部審計監督就是監察和督促醫院內部人員在其授權范圍內有效地履行其職責，以保證醫院的各項活動在符合醫院內部的方針、政策、程序、政府的法律條例以及一般公認的管理原則的正常軌道上運行。
二、評價職能。醫院內部審計的評價是指醫院內部審計人員依據一定的審計標準對所檢查的活動及其效果進行合理的分析和判斷。為實現醫院目標所從事的一切醫療、管理活動，都是評價的對象。例如評價國家相關法律法規的遵守情況、衛生系統和醫院部門政策遵守情況、醫院發展目標和財務計劃的遵守情況、業務活動的預算和財務預算的遵守情況、醫院制定的各種程序標準的遵守情況、醫院簽訂的各類合同的遵守情況、醫院的醫療收費標準及藥品招標采購是否遵守衛生系統收費標準和相關審批程序情況等。
三、控制職能。控制職能是指內部審計作為一種管理控制，通過醫院審計人員獨立的檢查和評價活動，衡量和評價其他內部控制的適當性和有效性的功能。醫院內部審計是醫院內部控制系統的一個重要組成部分，與其他控制形式相比，它更具全面性、獨立性、和權威性，它是對其他控制的一種再控制。可以說醫院審計部門是醫院內部一個重要的具有管理性質的職能部門。
四、服務職能。服務職能部門是指通過對被審查活動的分析、評價，向醫院各科室提供改進工作的建議和咨詢服務，從而醫院內部各科室有效地履行其職責，提高其工作質量的功能。隨著新醫改方案出臺及醫療市場不斷完善，對內部審計的要求不斷提高，醫院內部審計已不能只停留在監督的角色上，而必須擴大自身的審計范圍，發揮內部審計對醫院經濟工作的綜合監督職能，并向效益管理延伸。應該強調的是，審計不是最終目的，它只是一種手段。內部審計工作的最終目的應該是幫助和促進醫院各職能部門提高其經營管理水平與效率，實現監督與服務并舉。
醫院內部審計的作用，大致可歸結為兩個方面，即防護性作用和建設性作用。
一、防護性作用。防護性作用是指通過內部審計的檢查和評價活動，可以揭露和制約醫院各種不道德或不規范行為的產生，防止給醫院造成各種不良后果。防護性作用主要表現在以下方面：
1、為醫院建立健全有效的內部控制提供合理的保證，避免因管理和控制的缺陷帶來各種損失。揭露和制止已經發生或正在進行的貪污舞弊和欺詐行為。醫院的一切業務活動必須受法律和行政法規的約束，必須依法組織業務活動，正確處理醫院與國家、病人和職工的利益關系。因此，醫院審計部門通過常規審計，對財務收支及有關經濟活動進行監督，可以增強醫院領導和職工的法制觀念，揭露、抑制違反國家法律、行政法規的行為，嚴肅財經紀律，建立良好的醫療業務活動秩序，促進醫院合法進行醫療業務活動。
2、保證呈送給醫院院委會或董事會據以決策的財務和業務信息是真實的、準確的、完整的，避免因錯誤的信息而導致決策的失誤。在激烈的市場競爭中，醫院面臨著挑戰，為了生存和發展，內部審計要以醫院整體利益出發，發現問題、分析問題，并解決問題，及時為領導班子決策提供可靠的經濟信息和政策依據。
3、保護醫院資產的安全與完整，并為經濟地、有效地利用資源提供保證，防止損失和浪費資源的現象出現。
4、保證醫院的方針、政策、指示和命令能夠有效地得到貫徹執行，遵守政府的法律法規和行業標準規范，有效地履行合同，維護醫院的社會聲譽。
二、建設性作用。建設性作用是指醫院通過對被審查活動的檢查和評價，針對管理和控制中存在的問題和不足，提出富有促進性的意見和改進方案，從而協助醫院改善經營管理，提高經濟效益，以最好的方式實現醫院的目標。建設性作用主要表現在以下方面：
1、督促被審計科室建立符合成本效益原則的內部控制制度，促進醫院現代化管理水平的提高，使實現目標的各種活動都得到有效的控制，杜絕實際和潛在的管理漏洞。
2、針對醫院控制系統的缺陷，提出符合成本效益原則并且切實可靠的控制措施，使已經達到有效控制目標的控制系統的控制成本最低。
3、推薦更經濟、有效的資源使用方法，幫助醫院管理者優化資源配置，擴大經營成果，提高經濟效益，增強醫院的競爭能力。
4、促進醫院審計人員不斷提高業務素質，為更好地履行他們的職責，實現醫院的目標做出更大的貢獻。
內部審計促進了衛生事業的健康發展，提高了醫院的經濟效益，維護了醫院各種規章制度的執行。
