惠安解放后，人民政府接管學校，學校仍屬僑辦性質，面向全縣招生。1954年，為加強黨對學校的領導，中共惠安縣委縣政府派黨員劉錦元同志來校。同年，黃泰楠先生從菲律賓返回家鄉，回到他親手創辦的惠南中學，翌年出任校長。

黃泰楠先生主持校政后，弘揚“淳樸、勤奮”之校訓，篳路藍縷，溝通瀛海，廣泛聯系華僑和港澳臺同胞，多方集資，籌建教室、禮堂、電廠等校舍，購置圖書、儀器等設備設施，改善了辦學條件。1958年秋，校舍建筑初具規模，并增設了高中部。惠南中學即成為惠安縣南部唯一的完全中學，且教育質量日高、校譽日隆，后被譽稱為惠安縣四所老完中之一。

“文革”期間，學校教育秩序受到破壞，被更名為“惠安縣東園人民中學”。1978年撥亂反正后，學校取現名“福建省惠安惠南中學”。

1982年，莊祖文先生任校長時重組了學校董事會，駱瑪琺先生出任董事長、名譽校長。駱瑪琺先生與繼任的董事長和全體董事為改善辦學條件開展了卓有成效的工作，做出了積極的貢獻。

1997年，惠南中學舉行了建校五十周年慶典活動，縣委、縣政府高度重視，把其列入惠安縣“一節兩慶”的統一活動，成為全縣人民政治生活中的一件大事。省、市、縣有關領導和海內外部分僑親、鄉賢、校友出席了慶祝大會，既擴大了學校的影響，也提高了學校的聲譽。

1998年，在政府重視、社會支持和師生的努力下，學校順利通過了省教委的“三級達標中學”驗收，從而步入了重點中學行列。

1999年，駱炳輝同志任書記、校長時，他為改建危房和改變校內原有各區域的不合理布局，牽頭對校園進行了重新規劃，從此進入新一輪創業。在眾僑親、校友、鄉賢的鼎力支持下，拆除了危房，建設了教學樓、師生食堂、園丁樓、學生公寓、行政辦公實驗綜合樓等校舍，開辟了400米田徑運動場。至2004年秋季，為期五年的校園分期改建基本完成，校容校貌煥然一新，辦學條件更上一層樓。

2004年秋，王宏卿同志任書記、校長時，經過多方努力、極力協調，學校《關于撥款鋪筑惠南中學至上侖村路口道路的建議》被列入我縣政協十一屆二次會議第54號提案，并得到縣委、縣政府的高度重視，將該項目列入全縣2005-2007年自然村公路通達項目庫，計劃于2006年實現通車。

2005年4月，學校第六屆校董會隆重成立，董事長由校友、企業家黃俊枝先生擔任。大會成立當天，鄉賢、校友們表現出高度的熱情，踴躍出資獻策，為學校獎教助學活動的開展提供了堅強的后盾。校董會成為學校辦學一支重要的依靠力量。

在社會各界的鼎力支持和全校師生的共同努力下，學校于2005年5月25日以高分通過了省“二級達標中學”驗收， 2006年2月13日省教育廳正式下文確認并授牌。 學校于2012年中旬以高分通過了省“一級達標中學”驗收，2012年12月30號泉州第十六中學正式通過省“一級達標中學”，學校的達標晉級，為今后的進一步發展奠定了新的、更高的起點，各項工作逐步進入發展的快車道。

建校近六十年來，教師耳提面命，共培養初中、高中學生二萬多人，其中不乏卓有成就的教授、研究員、黨政軍各級領導、實業家，更有一大批勞動模范及活躍于各行各業的骨干人才……可謂“桃李滿天下，英才遍四海”。

2018年9月經市政府批準惠南中學改名為福建省泉州第十六中學。

辦學理念

“以質量求生存，以特色創一流”是惠南中學永恒的主題，惠南人遵循“淳樸、勤奮”之校訓，圍繞《惠南中學“十一五”教育工作規劃》，堅持“以人為本，合作競爭、持續發展”的管理理念，按照“人文立校、以德治校、特色樹校、科研興校、管理強校”的辦學思路，以發展為主題，以教學為中心，以和諧為旋律，一手抓內部管理，保證機制的高效有序運行；一手抓外樹形象，為學校的持續發展“奠基、鋪路”。力爭通過五年的不懈努力，提升內涵，特色辦學，科學發展，把惠南中學建設成為一流的、在福建省內有一定影響力的、享譽海內外的省一級達標學校，建成全體惠南人共同的精神家園。