公司設立后，通過有效整合，建立健全了法人治理結構，并按照現代企業管理模式建立起了一套比較完善的內部管理體制, 實現了
物流、資金流、信息流、
人力資源的一體化管理，公司于2001年經國家人事部批準，成立了博士后科研工作站；2001年底通過了ISO9001質量管理體系認證；2002年被評為全省普通高等學校優秀科技企業；2002年被認定為省級技術中心；2003年榮獲安徽省質量管理獎；同年被共青團中央、全國青聯命名為第三批青年科技創新示范基地；2004年獲得“全國用戶滿意產品”稱號；2005年再次被評為“重合同、守信用”單位。
科大創新下設輻化、科聚、中佳、天安、自動化等五個分公司，主要參、控股公司有上海中科大研究發展中心有限責任公司、
合肥科大立安安全技術有限責任公司，安徽西鵬置業發展有限責任公司、合肥世安消防工程有限公司等。
公司主營產品以安全環保為內涵，以自動化和民用核技術為核心技術，分為綠色環保新材料、核醫療儀器和常規醫療設備、工業過程
自動化和安全監控設備三大類產品，其中
工業過程自動化又包含電力安全自動化、安全監控自動化、工業過程自動化產品。這些產品均屬國家重點扶持優先發展的高新技術領域，技術工藝成熟，市場前景廣闊。
1、高新技術企業認定證書（銅牌、證書）
1999年12月20日，科大創新股份有限公司獲得安徽省科學技術委員會頒發的高新技術企業認定證書。（科高函字[1999]04號）
2、博士后科研工作站（銅牌）
2001年12月11日，經國家人事部批準（人發[2001]121號），科大創新股份有限公司正式成立了博士后科研工作站。科大創新博士后工作站的設立，將充分利用公司在研究條件、學術力量、科研資料、信息等方面的優勢，做到培養與使用相結合，發現、引進高素質的復合型人才，同時根據企業的發展需要，甄選出具有較好的市場前景、較高技術水平的項目，促進我公司科研學科的發展、科研隊伍建設和科研成果的轉化、產業化工作。
3、安徽省級技術中心（銅牌）
2002年12月5日，經
安徽省經貿委、安徽省財政局、
安徽省國家稅務局、
安徽省地方稅務局、中國合肥海關聯合審查，認定科大創新公司為安徽省第十一批省級企業技術中心。（皖經貿技術[2002]429號）
4、重合同守信用單位（銅牌、證書）
2004年1月18日，科大創新股份有限公司被命名為合肥市高新區2001-2002年度“重合同守信用”單位。（合高工商[2004]03號）
5、ISO9001質量管理體系認證（證書）
2001年12月24日，科大創新股份有限公司通過ISO9001質量體系認證，并取得證書。
6、ISO14001環境管理體系認證（證書）
2003年5月28日，科大創新輻化分公司通過ISO14001環境管理體系認證，并取得證書。
2001年6月，科大創新水性涂料產品符合國家環境保護總局頒布的環境標志產品技術要求，通過中國環境標志產品認證委員會檢測，獲得“中國環境標志產品認證”證書。
7、安徽省質量管理獎（銅牌）
2003年10月29日，科大創新榮獲“安徽省質量管理獎”。（皖經貿企管[2003]327號）
8、省重點培育的100戶“專、精、特、新”
2003年4月，科大創新獲安徽省重點培育的100戶“專、精、特、新”企業稱號。
9、安徽省高新技術產業化示范項目（證書）
2002年11月8日，安徽省發展計劃委員會授予科大創新科聚分公司（復合粉體壓敏材料及高性能壓敏元件項目）與科大創新輻化分公司（電離輻射法KD型環保涂料項目）為“安徽省高新技術產業化示范項目”。（計工[2002]426號）
10、省高等學校校辦產業優秀科技企業
2002年10月25日，科大創新獲安徽省教育委員會評選的“安徽省高等學校校辦產業優秀科技企業”稱號。（教秘[2002]504號）
11、青年科技創新示范基地（銅牌）
2003年11月5日，
共青團中央、全國青聯聯合發文（中青聯發[2003]50號），科大創新被命名為全國第三批“青年科技創新示范基地”。
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