1978年成立汽車管理學校附屬艦艇大隊，定點江蘇鎮江，1983年6月改建為陸軍船艇技術學校。1999年4月正式成立為鎮江船艇學院。

學院位于江蘇省鎮江市區，現有營院兩座，占地456.3畝（其中校區326.8畝，船艇教練大隊129.5畝），營房建筑面積10萬多平方米。學院具有良好的教學、科研條件，擁有各類實驗室、專修室和一定規模的先進教學設備，有計算機中心、多媒體教室、電工、電子、電路綜合實驗室、船艇電氣維修實驗室、船艇操縱訓練模擬專修室、近岸航行訓練模擬專修室等現代化教學設施。此外，還建有運動場、游泳池等文化、生活、服務保障設施。船艇教練大隊有浮碼頭3座，船臺滑道、船艇修理車間各一座，有多種船型的　　教練船艇和配套的碼頭設施。