1、貫徹黨和政府的衛生工作方針政策，制訂全市衛生事業發展規劃、區域衛生發展規劃、對人群健康危害疾病的防治規劃、社區衛生服務規劃，采取行政手段調控衛生資源，實施醫療衛生機構、衛生技術、人員、設備準入，實行衛生全行業管理。

2、全面履行衛生執法職能，依法承擔全市傳染病防治和食品、勞動、環境、放射、化妝品、學校等綜合衛生監督執法及醫療機構、母嬰保健、血源的監督管理和執法工作。

3、組織對重大疾病的綜合防治；組織調度全市衛生技術力量，緊急處置全市重大災情疫情，突發事件。

4、貫徹預防為主方針，開展全面健康教育；直接承擔全市疾病控制和婦幼保健工作，實施母嬰保健專項技術服務。與計劃生育部門密切配合，根據各自職責，共同做好計劃生育技術服務和生殖保健服務。

5、貫徹中西醫并重方針，負責中醫藥的繼承、創新及中西醫結合工作。

6、負責全市衛生科技和教育工作。制訂全市醫療衛生改革等工作的實施意見，并抓好落實。

7、承擔市愛國衛生運動委員會、市紅十字會、市地方病防治領導小組、市獻血領導小組的日常工作。

8、管理全市衛生事業單位；監管全市衛生系統的國有資產；指導監督全市衛生系統的財務管理工作；做好全市衛生系統的機構、編制、人事、工資、職稱評聘工作。

9、抓好本系統的精神文明建設和黨的建設工作。