區局機關設14個內設機構、1個直屬機構、5個事業單位，下轄14個盟市國稅局，102個旗縣市（區）國稅局，13個直屬稅務分局，97個副科級稅務分局，185個稅務所，共設辦稅服務廳239個，征收網絡遍布全區城鄉各地。

2018年6月15日，國家稅務總局內蒙古自治區稅務局掛牌，標志著原內蒙古自治區國家稅務局、內蒙古自治區地方稅務局正式合并。